Em um palpite, eu diria mysqldump seu banco de dados do MySQL e reimporte-o para o servidor Percona.
Eu não sei se você pode simplesmente iniciar o servidor Percona apontando para o mesmo datadir que o MySQL. Pode valer a pena investigar.
Estou executando o MySQL 5.0 em produção no CentOS. Como faço para migrar para o Percona Server 5.1 com segurança?
A documentação do Percona Server não inclui nenhuma informação sobre a migração. Qualquer ajuda é muito apreciada.
Os arquivos de dados são compatíveis com o servidor percona. Você só precisa iniciar o mysqld do servidor percona e tudo funcionará.
Somente quando você habilita alguns recursos (como segmentos extras de rollback) no servidor percona, você pode não conseguir voltar ao mysql. mas você raramente precisa alterar esse parâmetro.
Aqui está um bom tutorial Você precisa apenas remover o mysql-server e instalar o percona-server, isso é tudo.
Compatível com binários Percona e Mysql!
apt-get remove mysql-server mysql-client mysql-common
apt-get autoremove
Apenas adicione o repositório percona e
apt-get update
apt-get install percona-server-server
Depois disso, você pode iniciar o Mysql e ele funcionará
service mysql start
Um tutorial mais completo que você pode encontrar no link abaixo
É praticamente o mesmo caminho de atualização de 5.0 para 5.1, é claro, para fazer melhor uso dos aprimoramentos do Percona que você deve consultar o wiki.