Se as variáveis de ambiente estiverem mudando e você estiver executando o serviço (como LocalSystem) no Windows Server 2003, XP ou 2000, talvez esteja executando o caso de precisar reiniciar a máquina para que o gerenciador de serviços reler o ambiente. Consulte este artigo da base de conhecimento para obter mais informações.
Há um hotfix disponível para o Windows Server 2003 que resolverá isso.