Você deve definitivamente ir com virtualenv.
É assim que você pode verificar se você já possui o virtualenv instalado:
$ virtualenv --version
Se você não tem o virtualenv instalado, você pode instalá-lo assim:
$ pip install virtualenv
Se isso lhe der um erro, você provavelmente ainda não tem pip. Você pode instalá-lo usando:
$ easy_install pip
Uma vez que o virtualenv é instalado, você pode criar ambientes Python virtuais separados, um por instalação do Django, assim:
$ virtualenv env
Eu recomendo executar este comando na pasta do projeto de cada aplicativo. Se você fizer isso, você receberá uma pasta chamada 'env' que conterá o ambiente virtual do Python. Toda vez que você quiser começar a trabalhar com o ambiente virtual, você pode emitir este comando:
$ source env/bin/activate
Seu prompt deve indicar que você está executando o ambiente com algo parecido com isto:
(env)$
Você pode deixar o virtualenv digitando:
(env)$ deactivate
Se você chegou até aqui, pode começar a instalar versões específicas do ambiente de pacotes Python como este (em um ambiente ativado):
(env)$ pip install Django==1.0
Isto irá instalar o Django versão 1.0 dentro do ambiente virtual atual. Você pode ver se funcionou emitindo:
(env)$ pip freeze
Isso deve resultar em algo como:
Django==1.0-final
wsgiref==0.1.2
Agora você pode desativar esse ambiente, ativar o outro ambiente e instalar o Django 1.4 assim:
(env)$ pip install Django==1.4
Espero que isso ajude!