Então, quais são os erros que você está realmente experimentando, e como você estabeleceu que sua migração mudou o SID da máquina? Eu pergunto isso porque se foi, esta é a primeira vez que vi isso acontecer (simplesmente mover uma VM de um host para outro não, ou pelo menos não deveria fazer isso), então meus primeiros pensamentos seriam procurar em outro lugar o que realmente é o problema real.
Quanto às suas opções de recuperação:
Alterar o SID me deixa desconfortável em um Exchange Server. Mesmo se você puder estabelecer que isso é culpa e alterá-lo de volta sem causar um acidente, então eu ficaria insatisfeito em continuar usando esse servidor. As outras soluções propostas também não me enchem de alegria (possivelmente porque eu não entendo o que 15 servidores dotnetnuke tem a ver com troca)
Nesse ponto, talvez eu veja se eu poderia adicionar outro servidor de função de caixa de correio à organização do Exchange e, em seguida, tentar mover uma caixa de correio. Se isso funcionar, então tudo deve ser molho. Se não, então (isso pode escalar mal dependendo do número de usuários, mas o seu "burro" o suficiente para trabalhar praticamente não importa o quê) considerar a exportação de caixas de correio para um PST e depois importar para um novo servidor de caixa de correio.
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Apenas como um ponto de interesse, o que acontece quando você executa o analisador de melhores práticas de troca nesse servidor (e, se presente, outro servidor de troca na organização)? Isso pode lançar alguma luz sobre o que aconteceu, e se é um cenário comum, então a Microsoft é muito boa em vincular artigos de base de conhecimento úteis diretamente dos relatórios de troca de BPA.
Em segundo lugar, apenas um ponto bobo, você verificou que toda a resolução de nomes dos CDs está correta, que a hora / data / fuso horário estão corretas, etc. (sério, ficar sem sincronia pode ser um grande problema com a máquina virtual) convidados, e o momento errado fará com que o diretório ativo puxe uma cara triste quando o Exchange tentar falar com ele).