Eu vejo duas possibilidades:
1. PHP demorando muito tempo:
Se você estiver usando o PHP, o tempo de execução pode ser maior que o tempo limite do MySQL.
Você pode querer verificar net_read_timeout
e net_write_timeout
em relação ao max_execution_time
do PHP. Se o tempo de execução do PHP for maior que 60, o MySQL pode se desconectar.
2. servidor sobrecarregado
Como sua variável wait_timeout
é de 8 horas (28800 segundos) Você pode ser incomodado por conexões ociosas do MySQL. Use a consulta show processlist
para ver quantos segmentos inativos estão sendo executados. Se você tiver muitos threads inativos, talvez queira diminuir a diretiva wait_timeout
. Atualmente, estou usando um valor de 60 em servidores da Web de produção (e ninguém se queixou ainda).
De qualquer forma, o MySQL obviamente precisa de alguns ajustes nas configurações. Há muitos artigos na web falando sobre o ajuste do MySQL.