Embora eu seja um grande fanbo do Google, a maior desvantagem de usar o Google Wave é que ele não está apenas em uma fase beta 'eterna', é uma tecnologia muito jovem. O Google ainda está aprimorando a API. Junte isso ao fato de que o Google ainda é muito novo na área de aplicativos corporativos e está se preparando para prováveis decepções e fracassos desde o início. Dado um par de anos, esta provavelmente será uma solução superior, mas eu não estou convencido de que está pronto para o horário nobre.
Por outro lado, o Sharepoint é um aplicativo muito mais antigo e estabelecido, com um histórico comprovado e uma sólida base de código. É claro que esse fato tende a ser uma faca de dois gumes, porque isso significa que ela também sofre com decisões de design e práticas de codificação que agora podem ser chamadas de arcaicas.
Suponho que uma grande questão para você é se a estabilidade e a confiabilidade são mais importantes em sua escolha de ferramenta de colaboração ou se você preferiria usar uma ferramenta que seja pioneira na próxima geração de colaboração on-line e que sofra solavancos que certamente acompanharão sua jornada.