Eu cavei cada vez mais fundo usando este comando:
ps -eo size,pid,user,command --sort -size | awk '{ hr=$1/1024 ; printf("%13.2f Mb ",hr) } { for ( x=4 ; x<=NF ; x++ ) { printf("%s ",\$x) } print "" }'
que listou todos os processos no meu servidor e quanta memória eles estavam tomando. Isso então me disse que o qmail estava me enviando mensagens. Eu não preciso do qmail, então o removi. O servidor passou de 100% de uso de RAM para 6% ... Eu não odeio muito o Linux agora xD
Obrigado a Kyle Smith pelos comentários e explicações sobre a memória, mas preciso marcar isso como a resposta, porque explica a razão exata pela qual meus scripts estavam usando mais memória neste servidor.