Não estou familiarizado com o DownThemAll, mas vejo que é uma extensão do Firefox. Então você pode tentar executar trickle para iniciar o Firefox com um limite de download (veja man trickle ). Por exemplo:
trickle -d 20 firefox
Isso definirá um limite de download de 20 KB / s.
Para completar, os usuários que executam o Windows podem fazer o mesmo usando o Firefox Throttle add- em.