Entrei em contato com a Veeam diretamente. Sua resposta é:
There is no specific recommendations regarding domain controller backups, just make sure you have application-aware image processing enabled. You may find more information here: http://helpcenter.veeam.com/backup/70/vsphere/application_aware_processing.html
In case of restore, you may encounter the situation when for the first time DC boots in safe mode. It's an expected behavior, however, which is explained here: http://www.veeam.com/kb1277
Portanto, acredito que isso significa que o cenário é suportado e não há considerações especiais para separar o processamento de imagens com reconhecimento de aplicativo e certifique-se de saber as credenciais de administrador de domínio de restauração do DC (que deve ser conhecido de qualquer maneira) ).