encontre primeiro qual pacote contém o arquivo ausente:
$ dpkg --search /etc/cron.daily/apt
apt: /etc/cron.daily/apt
que é esse caso é o pacote "apt" e, em seguida, reinstalá-lo:
$ sudo apt-get -o Dpkg::Options::="--force-confmiss" --reinstall install apt
edit: adicionou a opção para forçar a falta de conf