para o meu caso, Eclipse indigo / juno, Ubuntu 12.04, sistema operacional de caixa virtual, qualquer reinstalação ou atualização ou instalar outra versão do eclipse ou close / restart não funcionam, e toot me mais de 3 horas .... ( MAS MEU WINDOWS 7 HOST ECLIPSE JUNO OBTEVE QUANDO INSTALADO): (
A única maneira que encontrei e trabalhei foi isso e, possivelmente, onde estava o erro:
Por exemplo, queremos instalar o mercado do eclipse.
Quando você escolhe Ajuda - > Instalar novo software - > selecione a versão do seu eclipse - > FERRAMENTAS DE FINALIDADE GERAL, NÃO CLIQUE PRÓXIMO AINDA, mas abra a lista de "ferramentas de propósito geral", procure o subelemento que você quer, no nosso caso é o "Marketplace", clique em Avançar, siga todos os requisitos e quando eu concordei com as licenças, Finish Bottom habilitado imediatamente.
Espero que seja exatamente onde o bug está, e espere que problemas similares possam ser corrigidos dessa maneira. Boa sorte pessoal!