Eu tive um problema semelhante com outro aplicativo. Nós estamos apresentando nossos via RDS e RemoteApps. Acabou criando uma estrutura de pastas duplicada na pasta C: \ do sistema operacional raiz do sistema cliente do App-V. Apenas as pastas! O usava um link simbólico em uma das subpastas para o local de compartilhamento onde os arquivos atualizados estavam sendo mantidos.
Eu seqüenciei a pasta C: \ do pacote App-V. No VFS eu fundei as estruturas de pastas. Como a pasta local era um link simbólico para o local onde os arquivos foram atualizados / novo, o pacote app-v viu os arquivos.
Você pode implantar o mklink por meio do script de inicialização do computador, já que ele é executado com as privs da conta do sistema.