O arquivo de configuração do PHPMyAdmin está localizado no diretório raiz e é chamado config.inc. php e para configurar os servidores para se conectar, você pode checar esta página para mais informações .
Veja um exemplo de como a configuração do servidor deve ser:
$i++;
/* First server */
$cfg['Servers'][$i]['auth_type'] = 'cookie';
$cfg['Servers'][$i]['host'] = 'mysql1.example.net';
$cfg['Servers'][$i]['connect_type'] = 'tcp';
$cfg['Servers'][$i]['compress'] = false;
$cfg['Servers'][$i]['extension'] = 'mysql';
$cfg['Servers'][$i]['AllowNoPassword'] = false;
$i++;
/* Second server */
$cfg['Servers'][$i]['auth_type'] = 'cookie';
$cfg['Servers'][$i]['host'] = 'mysql2.example.net';
$cfg['Servers'][$i]['connect_type'] = 'tcp';
$cfg['Servers'][$i]['compress'] = false;
$cfg['Servers'][$i]['extension'] = 'mysql';
$cfg['Servers'][$i]['AllowNoPassword'] = false;