Dependendo de como você criou sua estrutura de diretório, você pode ter quebrado a herança de alguns de seus subdiretórios. Nesse caso, você deve usar a caixa de seleção "redefinir as permissões em todos os objetos filho e ativar a propagação" na caixa de diálogo Configurações Avançadas de Controle de Acesso :
Depois de fazer isso, você verá a herança funcionando novamente.
Se você não conseguir alterar as ACLs devido a restrições de permissão, considere a propriedade de X: e todos os arquivos e subdiretórios.