Instale o pacote ppa-purge para ativar os PPAs novamente e use ppa-purge
para desativá-los.
Se isso não funcionar, use o botão "Origem" no Synaptic para ver a lista de fontes de pacotes usadas. Para cada pacote em cada fonte de pacote não oficial, use Pacote- > Force Version no menu e selecione a versão mais recente de uma fonte oficial.