Você pode preencher a raiz de um namespace DFS com conteúdo. Não há nada que te pare e funcionará bem.
No Windows 2008 DFS, você pode desativar seletivamente as referências de raiz para que os problemas problemáticos associados às réplicas parciais existentes no Windows 2003 DFS sejam removidos.
Histórico para uma alma desafortunada que ainda pode estar usando o Windows 2003 DFS e quem aparece nesse post: No Windows 2003 DFS, o motivo principal para não preencher a raiz de um namespace DFS com conteúdo era porque você não podia desabilitar referências para réplicas incompletas. Imagine um cenário no qual você cria uma raiz DFS, preenche-a com 100 GB de conteúdo, cria um segundo destino de raiz e habilita a replicação. Referências ao novo destino raiz, que não é totalmente replicado, não podem ser evitadas (ao contrário das referências a links dentro da raiz, que podem ser desativadas em uma base de link para link).