Ignore-o.
Ele está fazendo algumas verificações de validade muito básicas, que seriam verdadeiras se você não estivesse usando nomes alternativos - a verificação de validade de um navegador cliente é muito mais robusta e, como você sabe, não tem nenhum problema com o certificado.
Se você tiver mais de um VirtualHost em uma porta SSL, provavelmente verá um aviso para isso também. Mesma transação - ela foi criada para avisá-lo se algo não está fazendo sentido para uma configuração simples e básica - mas você sabe que está funcionando como deveria, então você pode ignorar.