Do I have to put these commands in a script and run in daily basis?
Definitivamente má ideia, veja abaixo. Isso deve ser tratado como último recurso.
So what is best practise?
Solucione o servidor DNS e a conectividade da rede e configure o cache do cliente DNS dos hosts.
Fonte: link
The resolver cache and server cache are maintained separately. For information about the server cache, see Windows 2000 Server Help.
The length of time for which a positive or negative response is cached on a DNS client depends on the values in the following registry key:
HKEY_LOCAL_MACHINE\SYSTEM\CurrentControlSet\Services\DNSCache\Parameters
O que é importante aqui é que seu cliente pode armazenar em cache respostas negativas. Seus aplicativos devem ser configurados com tempo limite de resolução de nome decente. Se seus hosts tiverem conectividade L2, você poderá configurar o NetBIOS como um backup. Se não, você também pode usar o WINS. Certifique-se da aparência da eleição do navegador principal / de backup e como controlá-la.