Você está armazenando arquivos de banco de dados e logs de transações no mesmo volume?
Isso seria uma causa para tal fragmentação (e também seria definitivamente não recomendado).
Os logs de transações são muitos arquivos pequenos criados na hora, enquanto os arquivos principais do banco de dados crescem continuamente; esta é uma receita ideal para a fragmentação pesada do NTFS.
Suponho que não haja nada além de um banco de dados nesse volume ... as filas de mensagens também podem ser uma grande fonte de fragmentação.