Se você quiser usar o subversion, use o svn-buildpackage. Há também o bzr-buildpackage, o git-buildpackage e assim por diante. Todos estes trabalham de forma semelhante; você armazena a fonte original completa mais o debian / no controle de versão, ou somente debian / (que por sua vez pode conter seus patches).
Se você está lidando com pacotes do Ubuntu, faria algum sentido usar o bzr, porque então você pode facilmente se ramificar e se fundir com os repositórios originais do bzr do Ubuntu.