Definitivamente, você pode implantar o Servidor de Arquivos em uma versão gratuita do Windows Server. Além disso, você pode criar um Servidor de Arquivos de Failover de alta disponibilidade sobre o seu Servidor Hyper-V. A única preocupação aqui é questão de licença. Se você fizer isso, violará o contrato de licença da Microsoft, portanto, faça por sua conta e risco.