Não, você não pode! O processo de excluir o instantâneo consiste, na verdade, em confirmar as alterações feitas nele. O ESXi não permitirá que você mude o estado de energia durante esse processo (forçando a execução de medidas drásticas pode corromper seus discos)
Você pode iniciar o processo com a VM desativada, mas isso só tornará mais rápido se a VM tiver IO pesado. A desvantagem disso é que você não pode iniciar a VM parcialmente.
Se o instantâneo for antigo, levará muito tempo. Evite isso usando apenas instantâneos temporariamente e removendo-os o mais rápido possível.