ifdown acha que a interface já está inativa. Se isso não for verdade, porque foi criado usando algum comando diferente de ifup (ifconfig por exemplo), então você precisa desligá-lo da mesma maneira ( ifconfig eth0 down ).
Se os comandos ip addr add também tiverem sido feitos manualmente, talvez seja necessário desfazê-los com ip addr del .
ifup e ifdown são frágeis. Eles não funcionam sem problemas se não forem as únicas ferramentas de configuração usadas. Eles poderiam obter o status atual da interface do kernel em vez de lembrar o que eles alteraram pela última vez, mas eles não o fazem.
Uma vez que você tenha feito o estado atual da interface corresponder ao que, se o upup estiver pensando, eles começarão a se comportar melhor.