O que você pergunta é possível quando você instala o Ubuntu em uma partição separada. Você também pode fazer uma partição separada e mover seu wubi para essa partição - assim você manterá todas as suas instalações (procure pelo script para mover o wubi para sua própria partição). Eu fiz isso mesmo, mas depois fiz uma instalação completa. A partição de 20 GB para o Ubuntu é suficiente.
Melhor ainda, você pode criar partições antes de começar. No wubi: instale o gparted e faça duas partições extras. Primeiro você tem que desalocar o espaço da sua unidade C (pegue 20 GB se puder). Em seguida, crie uma partição D de 20 GB no ext4 (não como o windows) e uma partição de swap do Linux de 2 GB. Tenha cuidado - faça um backup antes de dividir a partição C. Aqui está um link com uma explicação muito boa: link Boa sorte.