Alguns problemas aqui, mas além do possível problema, você não tem uma compreensão básica do armazenamento do computador.
opying over a large folder structure containing about 16000 items.
é um monte de arquivos. Provavelmente não há muitos arquivos grandes demais. Muitas pastas, muitos metadados.
what I am seeing must be something different as I never approach the level it states of 96MB/s write.
que é totalmente irrelevante se você perder todo o seu tempo fazendo IO linear (o que o explorador faz) com uma tonelada de atualizações de metadados. MB não é IOPS.
Agora, concordo que você tenha um problema, pois também vejo 12k de IOPS, mas como administrador você deve saber:
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As operações de cópia de muitos arquivos geram muitas atualizações de metadados que atrasam as coisas e
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O Windows Explorer é realmente lento, pois faz as coisas de maneira linear. Dividir o trabalho de cópia em vários trabalhos menores que são executados em paralelo e você pode ver uma aceleração.
O último pode ser significativo - o Explorer, etc., faz um arquivo de cada vez, esperando que algumas coisas terminem. Todo o tempo nada acontece. Vários trabalhos paralelos podem ser simplesmente - mais rápidos.