Acho que você pode ter um mdadm.conf muito antigo no initramfs e / ou o mdadm se confunde durante a descoberta e a inicialização dos arrays.
Tente dizer ao mdadm para considerar apenas discos no barramento PCI, adicionando a seguinte linha no mdadm.conf:
DEVICE /dev/disk/by-path/pci*
Indo mais longe, você pode especificar diretamente os próprios discos. Certifique-se de usar um endereçamento independente de pedido (por exemplo, por UUIDs) e que você coloque o sobressalente na última entrada:
DEVICE /dev/disk/by-uuid/<uuid1>
DEVICE /dev/disk/by-uuid/<uuid2>
DEVICE /dev/disk/by-uuid/<uuid3>
Para ir ainda mais longe, após a etapa anterior, você também pode adicionar devices = attributes às tags ARRAY, fornecendo o layout exato de sua raid para o mdadm. Considere a ordem dos dispositivos aqui também.
Depois disso, não esqueça de atualizar o initramfs, já que o mdadm.conf também faz parte do processo de inicialização:
sudo update-initramfs -k all -u