A equipe de suporte da Microsoft finalmente encontrou uma solução para esse problema. O verdadeiro problema subjacente é: O Microsoft Windows Services para UNIX 2.0 é instalado na floresta do Windows Server 2003 ou na floresta do Windows 2000. Se você tentar preparar a floresta do Windows Server 2003 para o Windows Server 2003 R2 (ou superior), receberá a seguinte mensagem de erro:
Error message when you try to prepare the Active Directory directory service for Windows Server 2003 R2: "Attribute value for objects defined in Windows 2000 schema and extended schema do not match"
Para corrigir esse comportamento, há um hot fix: link . Depois de instalar a correção, consegui promover o Windows Server 2012 como controlador de domínio ao lado de um controlador de domínio do Windows Server 2003.
Quero agradecer a todos vocês pelo apoio nesta questão. As respostas e comentários deram dicas valiosas para ir na direção certa.