Por que não lidar com isso da maneira que a maioria das pessoas faz ... com ativação e licenciamento on-line?
Ou você pode ser um verdadeiro PITA OEM, como o SolidWorks, e exigir uma chave física ou ativação on-line vinculada a um endereço MAC específico, etc.
Tentar evitar a cópia não vai funcionar ... desde os dias de "Não copie esse disquete" as pessoas encontraram maneiras de copiar o software (ou, no seu caso, as VMs) de alguma forma.
É melhor forçar um registro / licenciamento on-line para que você não apenas mantenha uma contagem precisa do que está por aí, mas ajude a garantir que as pessoas sejam legais em seu software.