Nossos desenvolvedores internos sempre querem o mais recente framework .Net, e normalmente tentamos acomodá-los. Estamos no processo de lançar o .Net 4 em nossos computadores, que são uma mistura do Windows XP e do Windows 7. Não estamos vendo nenhum problema.
Custo: se você precisar testar todos os sistemas com todos os softwares instalados, planejarei um grande custo para implantar. Embora isso possa ser o processo recomendado, acho que é um exagero. A estrutura .Net foi projetada para proteger as versões anteriores. Você pode instalar versões de framework 1.1, 1.2, 2.0, 3.0. 3.5, 4.0 todos independentemente uns dos outros. Como desenvolvedor, você provavelmente já sabe que precisa direcionar a versão da qual deseja usar a biblioteca e pode segmentar qualquer versão que esteja instalada. Isso significa que a instalação da estrutura 4.0 não deve ter impacto no software que está almejando as outras versões. Essa tem sido a nossa experiência e nunca nos deparamos com problemas com alguns computadores que possuem versões mais recentes do framework, desde que eles também tenham versões antigas ainda em uso.
Risco: muito pouco do que eu conheço.