EXT4 tem o limite de 64k ou nenhum limite, dependendo do wiki que você lê (eu suponho que as versões anteriores tinham limite de 64k e as mais recentes não têm limite). Ele ainda é limitado pela contagem máxima de links que o Índice de Diretório pode conter, e isso depende dos atributos específicos do sistema de arquivos (tamanho de bloco, por exemplo).
XFS , AFAIK, não tem limite, então o Reiser4 . Fora da minha cabeça eu não me lembraria do caso de outros sistemas de arquivos; O VxFS é definitivamente muito robusto e, se tiver um limite, é muito alto (não sei ao certo o quanto essa informação é útil :-)).