A hierarquia de configuração do IIS 7 funciona assim:
- Framework ou Framework64 Machine.config
- Framework OR Framework64 ASP.net Web.config
- System32 \ Inetsrv \ Config \ ApplicationHost.config
- Seu site \ web.config Seu
- Website \ Appdir \ web.config
Os dois primeiros dependem da bitness do pool de aplicativos - a versão 64 é a "raiz" da configuração do pool de aplicativos de 64 bits.
Applicationhost.config contém entradas aplicáveis a bitness32 ou bitness64 usando pré-condições, portanto é bit-bit cruzado. Arquivos web.config em níveis inferiores em seu site ou pastas de conteúdo também podem usar pré-condições.
Se você quiser aplicar uma configuração a um aplicativo específico, aplique-a no nível mais próximo desse aplicativo. Se você quiser aplicá-lo a tudo na caixa, edite as configurações da pasta Framework (que geralmente é uma prática ruim, pois quebra a implantação do xcopy como uma unidade, mas às vezes é inevitável).
Isso responde à sua pergunta?