Pessoalmente, para um número baixo de servidores Linux, não os associaria ao domínio. Se você e um par de administradores forem os únicos a entrar no próprio servidor, a criação de contas nos dois servidores não demorará muito. Para os aplicativos que são executados no servidor, tente escolher aqueles com suporte a ldap se quiser que as pessoas façam logon nos aplicativos que não executam esses servidores usando suas credenciais do AD.
Para obter os nomes para resolver corretamente, eu criaria manualmente as entradas de DNS como registros A usando o console DNS no servidor do AD.