Você teria que executar os dois sistemas em servidores separados e administrá-los a partir de interfaces separadas, mas não vejo por que isso não funcionaria, desde que você não tente habilitar uma conta para o BES em ambos sistemas.
O BES não faz alterações no Exchange, ele apenas lê dados do Exchange e os comunica aos dispositivos BlackBerry (talvez um pouco simplificados, mas você entendeu isso), portanto o Exchange deve conversar com alegria com os dois servidores credenciais e permissões são configuradas corretamente.