Você pode usar um comando do linux hdparm -S
man hdparm
-S : Set the standby (spindown) timeout for the drive. This value is used by the drive to determine how long to wait (with no disk activity) before turning off the spindle motor to save power...
Veja também esta questão:
Qual é o efeito de modo de espera (spindown) em discos rígidos modernos?
$ sudo hdparm -S 240 /dev/sda1
/dev/sda1:
setting standby to 240 (20 minutes)