Se o número de fórmulas no artigo Wikipedia lhe assustar:
what's the meaning of 99th percentile?
O ponto de corte que corresponde a 99% dos valores observados. Por exemplo, quando o 99 th percentil é de 3000 milissegundos = > 99% de todas as latências observadas são 3000 milissegundos ou menos. Ou, em outras palavras: apenas 1% das latências observadas é maior que 3 segundos.