Sim, você pode fazer isso. No entanto, para qualquer coisa que seja bastante decente (ZFS ou Storage Spaces), você não quer nenhum RAID falso. Ir para HBA simples (LSI tem uns com certeza) passando discos como é.
Atualmente, tenho um RAID 10 (6x2TB) em execução em um contêiner Intel IMSM ("fakeraid", firmware RAID) no Ubuntu 16.04 em um chipset ASUS H170M-PLUS (Intel H170).
Estou usando todas as 6 portas SATA no MOBO e quero adicionar um controlador PCIe JBOD e adicionar os discos ao contêiner do IMSM.
Esta é uma possibilidade? O firmware do Intel Rapid Storage adicionará discos de um controlador diferente?