Se você estiver usando systemd , pode passar o parâmetro do kernel fsck.mode=force para verificar todos os sistemas de arquivos.
Isso consertará todos os erros "seguros".
Se você ainda tiver problemas (verifique seus registros), passe fsck.repair=yes além do acima, que tentará reparar tudo.
Para a origem desta e de outras opções (por exemplo, shutdown -F ) para upstart e sysvinit init, consulte aqui .