Se você abrir a "árvore" do Pool de Aplicativos, deverá ver quais aplicativos estão associados a esse pool. É claro que, se todo o seu aplicativo usar o nome "Aplicativo padrão", essa informação não terá valor. Então, quando eu crio novas aplicações, eu sempre dou a elas um nome significativo.
Segunda dica: você pode dar um IIS Metabase Analyzer uma tentativa:
As the name implies, the application looks at IIS Metabase information to determine which IIS Web applications are running under which IIS Web sites. Additionally, it determines which Application Pools those websites and web applications are running under. When a version conflict is detected, IIS Metabase Analyzer alerts you to it and then it's up to you to fix the issue with the IIS Management tools.