O PHP-FPM não executa o script como o proprietário do script, mas como o usuário configurou na configuração do pool correspondente.
No meu sistema Debian, o conjunto padrão www
é definido em /etc/php5/fpm/pool.d/www.conf
e contém:
; Unix user/group of processes
; Note: The user is mandatory. If the group is not set, the default user's group
; will be used.
user = www-data
group = www-data
O seu provavelmente terá user=nobody
e group=nobody
.
Você pode criar mais pools e usá-los atribuindo-os em suas configurações Apache / NGINX / whatever.