Veja os três campos "ID" de 36 bytes que você está INDEXizando.
Primeiramente, sugiro reduzir esses três para menos de 8 bytes e NÃO ASSINAR BIGINT; 4-byte UNSIGNED INT é ainda melhor se um número de 4 bilhões for grande o suficiente.
Se o campo "excluído" INT de 4 bytes estiver sendo usado como um sinalizador, isso pode ser alterado para um TINYINT de 1 byte.
Você pode tentar publicar:
ALTER TABLE checklist_answer
DESABILITAR TECLAS;
/ *
Make you table changes in here.
* /
ALTER TABLE checklist_answer
HABILITAR TECLAS;
Juntos, eu não ficaria surpreso em ver o corte de "4 horas" pela metade.
Outros Performance-Killers aqui são: "ENGINE = InnoDB DEFAULT CHARSET = utf8;" .
Alterando isto para: "ENGINE = MYISAM DEFAULT CHARSET = latin1;" poderia reduzir o tempo pela metade novamente.
Os BIGINTs são matadores de desempenho em máquinas de 32 bits. A máquina de 64 bits executará o MariaDB 2.5 vezes mais rápido que em uma máquina de 32 bits.