Verifique msconfig para ver se há algo definido nas opções de inicialização. As chances são de que há uma bandeira que foi colocada lá, pois isso faz parte da rotina de inicialização "Normal". Meu servidor acabou tendo este sinalizador definido:
Não sei como ou porque o sinalizador foi verificado, mas desmarcando-o e a reinicialização do servidor fez com que tudo voltasse a ficar on-line corretamente.