Apenas a taxa de transferência varia ao longo de toda a capacidade do disco rígido, mas não o tempo de acesso. Na prática, o tempo de acesso é muito mais importante do que a velocidade sequencial de leitura / gravação. Eu duvido que você veria um aumento real de desempenho durante o uso normal.
Se você estiver reinstalando de qualquer maneira, colocarei as partições mais críticas para o desempenho no começo. Eu não seria reparticionista apenas para a reordenação, é muito esforço para muito pouco ganho.