Se você quiser desativar completamente o suporte a .NET em todo o IIS, execute
aspnet_regiis.exe -u
Você precisará executar isso para cada versão da estrutura que você instalou. O executável está em% SystemRoot% \ Microsoft.NET \ Framework \ vx.xxx
Depois de fazer isso, você deve descobrir que não há uma guia do ASP.NET nas propriedades de um site no IIS. Esteja ciente de que as atualizações do .NET framework podem acabar sendo registradas novamente no IIS.
Se o seu servidor tiver alguns sites usando o ASP.NET e outros usando apenas o ASP Clássico, você pode colocar todos os sites ASP Clássicos em seus próprios AppPool e os sites .NET nos deles. Como você sem dúvida descobriu, todos os aplicativos em um AppPool devem ser configurados para usar a mesma versão do framework. Não estou ciente de uma maneira de desativar o ASP.NET para um site específico.