Você pode fazer algumas coisas diferentes aqui.
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Primeiro, usando um armazenamento diferente, como usar o S3, onde você armazena todos os seus arquivos e envia os arquivos mais recentes para lá.
O S3 é mais parecido com um armazenamento de rede. Você pode enviar seus arquivos para lá e acessá-los de diferentes instâncias.
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A segunda opção é usar as ferramentas de linha de comando do EC2, criar uma nova AMI sempre que você alterar os arquivos e usar a nova AMI para iniciar novas instâncias. Nesse caso, você sempre terá os dados mais recentes.
Assim, quando uma nova Instância é lançada no ElasticBeanStalk, ela usa uma AMI padrão, mas você pode criar uma nova AMI e configurar para usar a nova AMI. Assim, você pode criar scripts que criarão uma nova AMI assim que você concluir as alterações e excluir a antiga e usar essa AMI para iniciar uma nova instância.
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A terceira opção é, como dito pelo ceejayoz, você pode usar as instâncias do EC2 em vez do ElasticBeanStalk e personalizá-lo de acordo com suas necessidades.
Eu geralmente prefiro a terceira opção, já que eu quero personalizar as coisas por conta própria, e quero o controle de todo o sistema, software etc. Mas isso é só comigo. Você pode optar por qualquer uma das opções acima.