Parece que o GeoTrust fez alguns re-jiggering de sua estrutura de assinatura.
O terceiro certificado que você está apresentando (por resposta de Raj) é este:
-----BEGIN CERTIFICATE-----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-----END CERTIFICATE-----
Mas quando eu abro seu certificado com um cliente Windows, a cadeia é resolvida para esta:
-----BEGIN CERTIFICATE-----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-----END CERTIFICATE-----
Esses dois certificados compartilham criptografia comum (para que ambos verifiquem a assinatura do subordinado), mas o que você está apresentando é assinado por esse certificado Equifax, enquanto aquele pelo qual o Windows decide que a cadeia de confiança leva é assinado por Equifax.
Como você está apresentando o certificado assinado pela Equifax em vez do certificado auto-assinado, você não está apresentando a cadeia completa. Adicione o certificado Equifax à cadeia que seu servidor da Web apresenta:
-----BEGIN CERTIFICATE-----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-----END CERTIFICATE-----
Agora, isso pode ou não resolver os problemas de confiança com seu cliente de linha de comando openssl
- você precisará verificar se está localizando corretamente as raízes confiáveis de seu sistema; você pode usar -CApath
para se certificar de que está apontando para o local correto.