Is it because I cloned them they are having the same MAC address??
Depende do processo clone e hypervisor em questão. Certamente parece que você duplicou os endereços MAC. Não estou muito familiarizado com a caixa virtual, mas tenho quase certeza de que existe uma opção em algum lugar para gerar novamente o endereço MAC de uma interface. Eu sei que outro software de VM como o Vmware tem essa opção.
Also I was interested to know if DHCP sees the MAC address to give IP's??
O DHCP é digitado no endereço MAC. Um servidor DHCP fornecerá apenas um IP por MAC. Se você tem muitos dispositivos em sua rede com o mesmo endereço MAC, então você tem problemas muito mais sérios do que apenas o DHCP.