Você pode usar o programa SRVANY do Windows Resource Kit para executar mongos como um serviço, conforme descrito na documentação do MongoDB . SRVANY funcionará bem em todas as versões do Windows atualmente enviadas, independentemente de quantos anos SRVANY possa ter.
Você pode querer examinar o Gerenciador de serviços não-sugadores (NSSM) como uma alternativa para SRVANY . É livremente redistribuível, faz as mesmas coisas que SRVANY e tem muito mais opções de configuração e tem uma funcionalidade de recuperação muito melhor.