Se eu tiver dois domínios de diretório ativos que tenham o mesmo nome de domínio de netbios, mas diferentes nomes de domínio totalmente qualificados, eles poderão confiar uns nos outros (unidirecionais, bidirecionais, etc.)?
Não, isso é 100% não suportado ou funcionando. Eu tenho esse cenário exato no meu ambiente. Suas opções são renomeação de domínio ou criação de domínios filho que têm relações de confiança entre si e usam recursos entre os domínios filho por meio de uma relação de confiança bidirecional.
Outra opção é o novo domínio e a migração, o que pode parecer difícil, mas se for uma pequena quantidade de objetos, isso pode ser feito em poucas horas, com pouco tempo de inatividade.
Tenho certeza de que o cenário não é suportado pela Microsoft. No entanto, você poderá configurá-lo se for usar o nome DNS apenas ao criar uma comunicação entre domínios. Eu sugiro verificar no cenário de renomeação de domínio. No entanto, se você tiver o Exchange no domínio - reinstale. Renomear um domínio com o Exchange nele é uma receita para dor de cabeça permanente.
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