Do jeito que você está fazendo (uma grande partição da qual você cria o array mdadm) não há grande diferença, mas como você está efetivamente usando todo o disco, eu faria como Antonius Bloch sugeriu e usei todo dispositivo de disco, em vez de criar uma partição - parece-me mais correcto criar o seu RAID utilizando o dispositivo físico completo em vez de um pedaço dele.
Se você estiver criando várias partições e configurando volumes mdadm entre eles, poderá realmente sofrer uma redução de desempenho (se dividir seus discos pela metade e um array for a primeira metade de um conjunto de discos e a outra matriz é a segunda metade que as suas unidades terão que buscar para frente e para trás durante a leitura / gravação em ambos os discos - o tempo de deslocamento da cabeça matará sua performance), mas a solução não é: -)