Você definitivamente deseja separar os discos e as VMs porque deseja que os nós da VM acessem o armazenamento compartilhado (em vez de separar os espelhados) para que as operações de failover sejam quase perfeitas. Eu desaprovaria o cluster no nível do sistema operacional em favor do clustering no nível da VM, pois, na minha experiência, os armazenamentos de dados tendem a ser pontos mais vulneráveis do que o hardware e sistema operacional (desde que o SO tenha sido configurado para estabilidade) um nó de um cluster tende a passar para o outro nó (atualizações ruins, problemas de netowrk etc.), tornando ineficaz o clustering do SO. As VMs devem ter discos locais apenas para executar os hipervisores, mas os discos da máquina virtual devem estar no armazenamento compartilhado (e você desejará esse armazenamento compartilhado pelo menos no hardware RAID5). Colocar as VMs em um cluster de recursos compartilhados (a la VMWare) é o caminho a percorrer, pois permite que você faça um balanceamento de carga automático muito granular. Com essa configuração, adicionar novo hardware à configuração se torna uma questão de adicionar o novo servidor da VM ao disco compartilhado, colocar o Hypervisor nele e uni-lo ao cluster.
Eu não tenho nenhuma recomendação sobre o tipo de armazenamento compartilhado, pois as pessoas que conhecem o mundo do armazenamento compartilhado e as VMs tendem a ter dados muito bons e eu adio a opinião deles.